Под руководством Алексия II церковь успешно пережила переходный период, в течение которого она должна была заново научиться диалогу с обществом. В годы Советской власти церковь и ее прихожане образовывали замкнутую субкультуру, которая слабо реагировала на события общественно-политической жизни. После распада СССР все изменилось. Церковь начала вырабатывать собственную общественно-политическую позицию. Стали проводиться Всемирные русские народные соборы, собиравшие клириков и мирян с целью разработать православные подходы к важнейшим проблемам современности. Была принята "Социальная концепция" и другие важные документы. Вокруг церкви начали возникать многочисленные организации мирян (братства и сестричества), ведущие активную социальную, а зачастую и политическую деятельность. С большим трудом, но был восстановлен контакт между церковью и обществом, что дало многим людям, потерявшим в посткоммунистическом вакууме духовные ориентиры, прийти к православной вере.

Одно из важнейших достижений РПЦ под руководством Алексия II — воссоединение с Зарубежной церковью. Однако картину церковного единства портят многочисленные церковные расколы, из которых самый серьезный произошел на Украине. Единство церкви находится под угрозой со стороны сил, требующих новых автокефалий и автономий.

Несмотря на давление как справа, так и слева, патриарх Алексий проводил умеренный курс, не увлекаясь ни ультрафундаментализмом, ни церковным либерализмом. Теперь политическая ориентация РПЦ зависит от того, кто из иерархов будет признан достойным занять патриарший престол.